Nella seconda metà del XIII secolo la vita dei Comune di Milano fu travagliata dalle lotte fra i Torriani ed i Visconti.

Verso la fine del secolo Ottone Visconti ebbe la meglio, anche se non subito definitivamente, sul Torriani e diede così inizio alla signoria dei Visconti che vide, nel 1395, la proclamazione di Gian Galeazzo duca di Milano.

Un decreto del duca Giovanni Maria (succeduto al padre Gian Galeazzo morto di peste nel 1402) promulgato il 28 agosto 1406 tentava di riportare la pace in Milano, ritornata nel caos della discordia civile dopo la morte di Gian Galeazzo. Fra gli esuli che dovevano rientrare nelle loro case entro un mese o due (a seconda della distanza da Milano) troviamo molte persone abitanti o originarie della Brianza, in particolare Donato Petani da Giussano e suo figlio Giovannino Giussani, Amadolo di Giussano e Bertolo di Giussano. Fra quelli, invece, che dovevano abitare in luoghi non sospetti, se desideravano rientrare nel godimento dei loro beni, troviamo un Antonino di Giussano.

La signoria dei Visconti si concluse con la morte di Filippo Maria, fratello di Giovanni Maria, nel 1447. Ancora una volta, alla morte di un Visconti si scatenarono i disordini: perfino i contadini della Brianza, spinti dalla fame, scesero a Milano per saccheggiarla.

Dopo che venne proclamata la Repubblica ambrosiana il 14 agosto dello stesso anno, nel 1450 Francesco Sforza divenne duca di Milano: si apriva cosi il periodo caratterizzato dalla signoria degli Sforza, che avrebbero detenuto il potere fino al 1526.

Nel 1470 Galeazzo Maria emanò un provvedimento che impose la piantagione dei gelsi per l'allevamento del baco da seta nel Milanese: veniva in tal modo stimolata direttamente dal potere centrale un'attività che era destinata ad avere tanta parte nell'economia della nostra Brianza. Tuttavia nei secoli XV e XVI le attività agricole fondamentali furono rappresentate da vite, castagno, segale, miglio; solo nel '500 comincio a diffondersi considerevolmente il frumento.

Durante la signoria dei Visconti prima e degli Sforza poi parecchi Giussani furono prescelti alle più alte cariche. Verso la fine del 1300 alcuni rami della famiglia si stabilirono nei paesi vicini (Romanò, Mariano, Arosio, Lurago e Lambrugo). Di questi rami, quello di Arosio si estinse nel 1759, quando Carlo sacerdote morendo lasciò erede universale il Monastero Maggiore di Milano, mentre quello di Lurago (detto degli Squartia de Gluxiano o De Squarciis de Gluxiano, appunto perché staccatosi dal ramo principale di Giussano) si esaurì con Fulvia la quale andò sposa nel 1786 al nobile Cesare Sormani.

Il feudo dei Balbiani

Tornando all'epoca degli Sforza ed alle vicende del nostro Comune, quel Galeazzo, di cui si è detto, morì assassinato nel 1476: gli successe il figlio Gian Galeazzo Maria sotto la reggenza della madre Bona di Savoia che aveva come consigliere Cicco Simonetta. Anche se nominalmente il duca di Milano era Gian Galeazzo Maria Sforza, però il vero signore (a partire dal 1479) fu Lodovico il Moro, figlio di Francesco Maria e zio di Gían Galeazzo Maria (lo sarà anche legalmente dal 1494, quando muore Gian Galeazzo).

Proprio a questo periodo risale un provvedimento che interessò il nostro Comune: infatti, data l'importanza strategica di Chiavenna, il duca Gian Galeazzo Sforza e la duchessa Bona di Savoia, nel 1478, richiamarono alla Camera ducale questo feudo che apparteneva dal 1406 ai Balbiani, un'illustre famiglia milanese; in cambio del territorio tolto, ai Balbiani furono assegnati il feudo di Cilavenna e quello di Agliate citra Lambrum (ad di qua del Lambro) che comprendeva Carate, Albiate, Sovico, Verano, Robbiano, S. Giovanni in Baraggia, Giussano e Molini di Peregallo.